2003 metais Audi pristatė antros kartos A3 modelį. Iš pradžių pradėtas buvo gaminamas tik kaip trejų durų hečbekas su keturių cilindrų varikliais, penkerių durų kėbulas pavadintas "Sportback" buvo pristatytas 2004 metais. Skirtingai nuo ankstesnės kartos naujas A3 Sportback yra net 80 mm ilgesnis negu pagrindinis trejų durų kėbulas ir turi didesnę bagažinę (370 litrų). Automobilis buvo gaminamas ant naujos PQ35 platformos ir turėjo naują erdvesnį interjerą, naujus benzininius variklius su FSI kuro įpurškimo sistema ir standartines šešių greičių mechanines pavarų dėžes išskyrus su 1.6 varikliu. 2003 metais buvo pristatyti galingiausi varikliai - 2.0 L turbo FSI versija su 200 AG (147 kW) galia ir 3.2 L VR6 variklis su 250 AG (184 kW) galia. Galima buvo užsisakyti visų varomųjų ratų sistemą ir S-Tronic pusiau automatinę pavarų dėžę.